业主对招标代理公司提出以下要求：为了避免潜在的投标人过多，项目招标公告只在本市日报上发布，且采用邀请招标方式招标。
项目施工招标信息发布以后，共有12家潜在的投标人报名参加投标。业主认为报名参加投标的人数太多，为减少评标工作量，要求招标代理公司仅对报名的潜在投标人的资质条件、业绩进行资格审查。
开标后发现以下事实：
1)A投标人的投标报价为8000万元，为最低投标价，经评审后推荐其为中标候选人。
2)B投标人在开标后又提交了一份补充说明，提出可以降价5％。
3)C投标人提交的银行投标保函有效期为70天。
4)D投标人投标文件的投标函只盖有企业及企业法定代表人的印章，没有加盖项目负责人的印章。
5)E投标人与其他投标人组成了联合体投标，附有各方资质证书，但没有联合体共同投标协议书。
6)F投标人的投标报价最高，故F投标人在开标后第二天撤回了其投标文件。经过标书评审，A投标人被确定为中标候选人。发出中标通知书后，招标人和A投标人进行合同谈判，希望A投标人能再压缩工期，降低费用。经谈判后双方达成一致：不压缩工期，降价3％。
二期工程投资1亿余元，兴建一幢现代化医院的综合楼，其中土建工程采用公开招标的方式选定施工单位，但招标文件对省内的投标人与省外的投标人提出了不同的要求，也明确了投标保证金的数额。该院委托某建筑事务所为该项工程编制标底。2010年10月6日招标公告发出后，共有A、B、C、D、E、F等6家省内的建筑单位参加了投标。招标文件规定，2010年10月30日为提交投标文件的截止时间，2010年11月3 E1举行开标会。虽然招标文件规定2010年10月30日前提交投标文件，但E单位2010年11月1日才提交投标保证金开标会由该省建委主持。结果，编制的标底高达6200多万元，而A、B、C、D这4个投标人的投标报价均在5200万元以下，与标底相差1000多万元，引起了投标人的异议。这4家投标单位向该省建委投诉，称招标标底计算存在问题，夸大了工程量，使标底高出实际估算近1000万元。
同时，D单位向某医院要求撤回投标文件。为此，该院请求省建委对原标底进行复核。
2011年1月28日，被指定进行标底复核的省建设工程造价总站(以下简称总站)拿出了复核报告，证明某建筑事务所在编制标底的过程中确实存在这4家投标单位所提出的问题，复核标底金额与原标底金额相差近1000万元。
由于上述问题久拖不决，导致中标书在开标3个月后一直未能发出。为了能早日开工，该院在获得了省建委的同意后，更改了标底金额和工程结算方式，确定某省某公司为中标单位。
问题：
1．一期工程中，业主对招标代理公司提出的要求是否正确？A、B、C、D、E投标人投标文件是否有效？F投标人撤回投标文件的行为应如何处理？项目施工合同如何签订？合同价格应是多少？
2．二期工程中，投标程序是否妥当？E投标文件应当如何处理？D单位撤回投标文件应如何处理？
3．二期工程问题久拖不决，是否可以重新招标？若重新招标，给投标人造成的损失如何赔偿？